La comuna de Ñiquén se encuentra en el sector septentrional de la Octava Región. Es la puerta norte al ingresar a esta región, dando la cordial bienvenida a través de la ruta 5 sur, en el Km.354. 

Los límites son:
--> Al norte: el río Perquilauquén que corre de sureste a noroeste.
--> Al sur: el estero Buli que corre paralelo al río Perquilauquén.
-->Al este: el límite con la comuna de San fabián.
-->Al oeste: el río Ñiquén que confluye co el perquilauquén.

        Posee una forma alargada en sentido noroeste-sureste con una mayor estrechez a la altura de Flor de Ñiquén.

        De este a oeste tiene una extención de 54Km y una superficie de 582km2.

        Se emplaza transversalmente en la Depresión Intermedia, conocida también como Llano Central Fluvio-glacio-volcánico, que tiene un aspecto de planicie intensamente irrigada con notables ventajas del punto de vista climático, conformando parte de un conjunto fluvial que se comunica con el cono glacio-volcanico del río Ñuble.