La comuna de San Gregorio (antiguamente nombrada), desde su creación en 1869 hasta el año 1927, mantuvo sus dependencias municipales en una casa de la villa de San Gregorio. Ese año presidía la primera magistratura de la Nación, don Carlos Ibañez del Campo, quién, en su afán por reestructurar el país, decreto la disolución de las municipalidades de todo el territorio reemplazandolas por Juntas Vecinales encabezadas por un alcalde y cinco miembros de vecinos destacados. 

        Ese mismo año las oficinas edilicias se trasladaron a la localidad de Ñiquén funcionando en la casa que pertenecía a don Francisco Quintana. El alcalde era don Ernesto Zúñiga, cuyo nombre lleva actualmente una calle de San Gregorio. Los vocales eran los señores Sinforoso Fuentes y Luis Soto. La Razón de este traslado se desconoce, pero es probable que haya sido la consideración de la proximidad de la estación  de Ferrocarriles que hacía poco tiempo había sido inaugurada, descartando la atrasada "Carretera" que existía en aquellos años.

        La Municipalidad cambio su nombre de San Gregorio por el actual, Ñiquén en 1931 con el objeto de evitar confuciones administrativas con localidades homónimas de otras regiones del país. Ese año, la comuna constaba de 11.955 habitantes superando las mujeres a los varones en escaso margen; mujeres;6035 / hombres; 5920 (En 36 años, o sea desde 1895 a 1931, la población había aumentado en un número escaso de 963 personas).

        El municipio mantenía un servicio a la comunidad consistente en atención médica gratuita para la población, en especial para enfermos indigentes, pagando a un médico, honorarios por la suma de $3.000; algunas escuelas públicas; desayuno escolar; donaba medicamentos a las personas que lo requirieran, comprobando su situación económica precaria mediante un botiquín de urgencia, a cargo de la Sra. Etelvira Candia (Ministerio del interior del Gobierno de Chile, "La nueva era de las municipalidades de Chile", Stgo. 1931).

        En 1934 volvió la normalidad a la Municipalidad puesto que el gobierno encabezado por el "León de Tarapacá", don Arturo Alessandri, encauzó jurídicamente al país, terminando con los años de anarquía (1924-1932). Por ley, regularizo la constitución de las municipalidades, estableciendo la apertura de registros electorales especiales y concediendo el voto municipal ala mujer.

        Coincidente con aquella nueva disposición administrativa, las oficinas y dependencias edilicias fueron trasladadas a San Gregorio e instalándose en casas particulares ubicadas en calle Estado y Ernesto Zúñiga. Años anteriores del traslado, por influencias del regidor de esta comuna, don Francisco Valdés Valenzuela, dueño del fundo Pilancheo y por orden del Ejecutivo, fueron establecidas las oficinas de Tesorería Comunal en el sector de Ñiquén y que estaba eb San Carlos. La nueva tesorería quedo a cargo de don Filiberto Rodríguez, quién fue protagonista de un episodio de ribetes anegdóticos.

        En 1939, como consecuencia del "celebre" terremoto que destruyó numerosas propiedades, el gobierno de Pedro Aguirre Cerda, por medio del Ministerio del Interior, hizo un aporte de $600.000 al municipio, cuyos regidores y alcalde lo destinaron para la construcción del edificio municipal actual, en un terreno baldío en la esquina norponiente de la Plaza de Armas. Se emplearon los planos diseñados por el Ingeniero de Obras del municipio, don Harold Roger, cabe destacar que también intervino en la construcción del  puente carretero del río Perquilauquén en 1935-1939. Hasta ese año (1939), en verano funcionaba un puente de madera donde se cobraba peaje. En invierno se usaba una balsa particular.

        En 1942 fue inaugurado el flameante edificio junto a otras construcciones.