Los recursos hídricos de esta comuna conforman una verdadera red integrada por los ríos Ñiquén, Buli, estero de Colliguay y otros, que en su conjunto confluyen en el río Perquilauquén, el cual es un importante tributario de la hoya del río Maule.
El río PerquilauquéN:
El termino "Perquilauqén" de origen mapudungo,
corresponde al de Río ventoso o ruidoso (Percü= ventoso
/ Lafken= río, lago) también al de una hierba medicinal
que probablemente existió en el pasado o aún se
encuentra en sus riberas actualmente.
Su origen se encuentra en la vertiente
occidental de la cresta de una montaña a corta distancia
al oeste del cauce del río Los Sauces, en el cerro
florido (2.194m de altura) en la misma latitud de San
Carlos. Continúa el curso de sureste a noroeste pasando
por sectores de Trabuncura. Las Garzas y Canchiuque, de
donde se separa originando dos brazos que dejan al medio
entre rios una extensa planicie de material sedimentario
llamada isla de Pencagua y luego vuelven a unirse antes
de llegar al puente de la carretera panamericana.
El brazo del costado sur ha perdido su
importancia en caudal formando un estrecho y estero
llamado "río viejo", correspondiendo al viejo cauce del Pequilauquén que sirve como deslinde jurisdiccional
entre la Región del Maule y la del Biobío.
Este río en años pasados durante los meses
invernales incrementaba su caudal en forma excesiva
desbordándose hacia el sur e inundando reiteradas veces
los terrenos de San Gregorio y Paque.
En la actualidad este curso de agua alimenta dos
canales de regadío de considerable importancia para los
cultivos. Uno es el llamado "Canal fiscal", que desde el
sector de Cerrillos comunica con la localidad de Ñiquén
regando los campos de arrozales de aquella zona. El otro
canal lleva aguas hacia las tierras de Parral.
En tiempos estivales el Perquilauquén presenta
varios sitios atractivos como "Canchiuque", Las
"Tomas" y "Cerrillos" hacia donde concurren
delegaciones de estudiantes de San Gregorio y de los
alrededores y grupos familiares de la comuna de San
Carlos.
Después de continuar su
curso hacia el poniente de San Gregorio, a la altura de Otingüe cambia su itinerario hacia el noroeste hasta
confluir con el río Ñiquén cerca de Comillaún y
proseguir, posteriormente hacia el norte en búsqueda del
río Maule.
Desde el punto de vista histórico, en sus
orillas se produjo en los terrenos denominados Reinogüelen una encarnizada batalla entre españoles e
indígenas en el siglo XVI.
El río ÑiquéN:
El término Ñiquén corresponde a "Lugar abrigado"(Ñiquym, o Ñikem) o reparo contra el viento. es el río que le da el nombre a la comuna. Es un afluente sureño del Perquilauquén que nace en la precordillera andina a escasa distancia al norte del sector de Cachapoal (entre San Carlos y San Fabián), continúa su curso hacia noroeste, pasando a corta distancia al sur de Ñiquén y recibe aguas de los esteros Colliguay, Tiuquilemu, Mallocavén y Buli hasta desembocar en el Perquilauquén cerca del punto de unión de los límites comunales de ñiquén, Parral y Cauquenes.
El Estero Buli:
Este estero que sirve de límite sur de la comuna recorre de sureste a noroeste y se une al río Ñiquén a unos 4 ó 5 kilómetros al oeste del sector de Ñiquén.
Tranques:
Además de los ríos y esteros los agricultores han construido algunos tranques que favorecen el regadío, ellos se encuentran en Huenutil del Peumo a orillas de la carretera presentando un atractivo para la visita por su apariencia de "espejo", donde se posan diversas especies de aves acuáticas. Otros se encuentran en el fundo San Vicente, al sur del acceso al sector de Las Rosas y en el fundo El Socorro.